Как говорится в анализе ситуации, программа направлена на развитие ирригации, модернизацию водохозяйственной инфраструктуры и повышение эффективности использования водных ресурсов.

В документе отмечается, что более 90% ирригационных каналов, комплексов и водохранилищ Кыргызстана были построены еще в советский период. Срок их эксплуатации составляет около 35–80 лет, а значительная часть инфраструктуры физически и морально устарела.

В ведении Службы водных ресурсов находятся 5 тыс. 885 км межхозяйственных каналов, 7 тыс. 672 гидротехнических сооружения, 2 тыс. 718 гидропостов, 154 насосные станции, 139 водохранилищ, бассейнов суточного и декадного регулирования с общим объемом аккумулирования 1,8 млрд кубометров.

Кроме того, в стране имеется около 19 тыс. км внутрихозяйственных ирригационных каналов, находящихся на балансе органов местного самоуправления. Сейчас начата работа по передаче каналов 1 и 2 порядка в ведение Службы водных ресурсов. Уже передано 2 тыс. 165 км таких каналов.

В проекте также отмечается, что в условиях сокращения водных ресурсов из-за климатических изменений строительство, модернизация и реабилитация водохранилищ становятся одной из приоритетных задач.

Отдельное внимание уделяется подземным водам. В Кыргызстане насчитывается около 14 тыс. 752 скважин, из которых эксплуатируются примерно 30%, остальные требуют очистки и восстановления.

Площадь орошаемых земель в стране составляет 1 млн 24 тыс. 638 га. Из них 883 тыс. 262 га находятся в хорошем состоянии, 63 тыс. 449 га — в удовлетворительном, 77 тыс. 927 га — в неудовлетворительном мелиоративном состоянии.

Причинами неблагополучного состояния земель названы близкое залегание грунтовых вод и засоление почв. Для понижения уровня грунтовых вод и улучшения состояния орошаемых земель в стране имеется 5 тыс. 745 км коллекторно-дренажных сетей.

В части питьевого водоснабжения отмечается, что в Кыргызстане насчитывается 2014 сельских населенных пунктов и 33 города. При этом 273 села не имеют систем питьевого водоснабжения либо требуют строительства систем «с нуля», еще 1156 сел имеют системы, нуждающиеся в частичной или полной реабилитации.

В проекте говорится, что качество питьевой воды остается неравномерным из-за изношенности сетей, недостаточного уровня водоподготовки и неудовлетворительного состояния зон санитарной охраны источников.

Программа также направлена на решение проблем водоотведения и санитарии, которые названы одними из наиболее острых.