Кодекс регулирует отношения в сфере торгового мореплавания и направлен на реализацию права Кыргызстана как государства, не имеющего выхода к морю, на доступ к открытому морю и свободу мореплавания.

Документ предусматривает использование судов под флагом Кыргызстана для перевозки грузов, багажа и почты, морских круизов, рыболовства, разведки и разработки морских ресурсов, буксировки, спасательных операций, научных исследований, яхтинга и других видов деятельности.

Кодекс предусматривает создание Государственного (международного) реестра судов. В нем будут регистрироваться суда и права на них, а регистрация будет подтверждать их принадлежность к Кыргызской Республике.

Регистрировать суда можно будет независимо от гражданства собственника, капитана и членов экипажа при соблюдении требований безопасности и международных стандартов. Таким образом, право плавания под государственным флагом Кыргызстана смогут получить в том числе суда, принадлежащие иностранным физическим и юридическим лицам.

Портом регистрации судов в Кыргызской Республике определен город Бишкек. Название порта регистрации BISHKEK должно указываться в свидетельстве о регистрации и наноситься на корме судна под его названием.

Также предусматривается возможность временной регистрации под флагом Кыргызстана иностранных судов, эксплуатируемых по бербоут-чартеру. Такая регистрация может предоставляться на срок до 2 лет с возможностью последующего продления на аналогичный период.

Государственное регулирование отрасли возлагается на Кабинет министров и уполномоченный государственный орган в области экономики и коммерции.

Для реализации Кодекса предусматривается создание системы морской администрации Кыргызской Республики как самостоятельного подразделения в структуре уполномоченного органа.

Технический надзор и классификацию судов будут осуществлять признанные классификационные общества. Кодекс предусматривает их отбор из числа членов Международной ассоциации классификационных обществ (IACS) с последующим утверждением Кабинетом министров.

Кодекс также регулирует вопросы судовых документов, экипажей и квалификации моряков, страхования, ареста судов, морских перевозок, работы в иностранных морских портах и другие отношения в сфере торгового мореплавания.

В частности, документ предусматривает возможность нахождения морских портов и терминалов Кыргызстана за рубежом — в собственности или пользовании Кыргызстана на основании международных договоров и межгосударственных соглашений. Внутренними портами и пристанями признаются объекты на территории Кыргызстана, в том числе в акватории озера Иссык-Куль.

Кабинету министров поручено в течение 12 месяцев со дня вступления Кодекса в силу привести нормативные правовые акты в соответствие с его положениями.