Абдылдаев родился 17 августа 1953 года в селе Кара-Жыгач Аламудунского района Чуйской области. Окончил филологический факультет Кыргызского государственного университета (1976), Академию МВД СССР (1989). Кандидат юридических наук (1999).

Абдылдаев работал в УВД Иссык-Кульской области, занимая должность заместителя начальника (1985-1990 годы), а затем начальника управления (1991-1994 годы). Позже назначен заместителем и первым заместителем министра внутренних дел (1994-2001 годы), был директором Международного института стратегических исследований при президенте (2001-2002 годы), заведующим отделом обороны и безопасности администрации президента (2002-2004 годы).

С октября 2004 года по 23 марта 2005 года исполнял обязанности генерального прокурора, 25 марта был назначен и. о. министра внутренних дел.

C 17 мая 2006 года по 13 апреля 2007 года - глава администрации президента Кыргызстана.

В октябре 2010 года избран депутатом ЖК от партии "Ата-Журт". В ходе октябрьских событий 2020 года был избран спикером парламента, однако четыре дня спустя подал в отставку.

С 2023 года Абдылдаев руководил секретариатом Народного курултая.

Награжден медалью "Кужурмон кызмат отогондугу учун" 1-степени, медалью "За боевые заслуги" 1-й степени, орденом "Содружество" Межпарламентской ассамблеи СНГ. В 2005 году получил звание генерал-лейтенанта милиции, являлся государственным советником госслужбы КР 1-го класса.

Редакция Kaktus.media скорбит по поводу кончины Мыктыбека Абдылдаева и выражает соболезнования его родным и близким.